PCR基因擴增儀應安放在濕度較低、灰塵較少并遠離水源（如靠近水池、水管等）的地方，室內應通風良好，無腐蝕性氣體或強磁場干擾。不要將儀器安放在潮濕的或灰塵較多的地方。儀器上的開口都是為了通風而設，為了避免溫度過熱，一定不要阻塞或覆蓋這些通風孔。單臺儀器使用時，儀器的通風孔與物體的距離應不小于50cm。另外不要在松軟的表面上使用儀器，否則可能會阻塞儀器底部的進風孔。溫度過高會影響儀器的性能或引起故障。不要在陽光直射的地方使用本儀器，并要遠離暖氣、爐子以及其它一切熱源。長時間不使用本儀器時，應拔下電源插頭，并用軟布或塑料紙覆蓋儀器以防止灰塵進入。
加熱模塊：上孔與孔之間的溫度一致性對于獲取可靠而可重復的PCR結果也是至關重要的。確保熱準確性的一種方法就是經常使用溫度驗證試劑盒進行檢測，溫度驗證檢測通?？捎糜冢?/div>
在等溫模式下相對于設定溫度的孔間準確性；
在溫度轉換后相對于設定溫度的孔間準確性；
熱蓋溫度的準確性。
引物退火溫度控制：梯度溫度控制是PCR儀一項有助于PCR中引物退火優化的功能。梯度設定的目的是在模塊之間實現變化的溫度，通過每列之間≥2°C的溫度升降，可同時對于不同溫度進行測試以獲取引物退火溫度。理論上，梯度可在模塊之間實現線性的溫度。
PCR基因擴增儀對于樣品溫度控制的能力對于PCR結果的準確性十分重要。儀器特異性的參數如升降溫速度，維持時間以及算法對于預測樣品溫度是關鍵。升降溫速度意味著在一定時間內發生的PCR步驟之間的溫度變化。由于熱量從模塊傳輸至樣品需要一定的時間，樣品實際的升降溫速度會較慢。因此，對于變溫速度的定義需要進行區分和了解。
